I 1880`erne og -90`erne gennemførtes under ledelse af Estrup bygningen af et mægtigt forsvarsanlæg rundt om København: Vestvolden fra Kalvebod Strand til Utterslev Mose – og oversvømningsanlæg, der kunne sætte resten af den nordlige omegn under vand. På søsiden en række søforter, hvoraf Middelgrundsfortet var langt det største og kraftigst bevæbnede. Alene de fem styk 30,5 cm. Kanoner kunne uden problemer dække Øresund helt over til Sverige. Sammen med Trekroner og Flakfortet dannede Middelgrundsfortet forsvaret af Københavns søside. Fortet er en kunstig ø, skabt på 7 meter vand der hvor Kongedybet og Hollænderdybet mødes. Man begyndte arbejdet i 1890 og var færdig efter 4 år.

På land byggede man kæmpemæssige kasser, der blev sænket på stedet og fyldt med materiale, der blev til overs ved udgravningen af Frihavnen. Under fortet er der ca. 8 kilometer gange medmandskabsstuer, fængselsceller, hospital.

Inde i fortet står det gamle elværk fra 1939, bestående af 4 funktionsdygtige B&W dielselgeneratorer

I dag er Middelgrundsfortet museum og aktivitetscenter.